В случае использования команды TRUNCATE в потоке, при использовании ClickHouse в режиме кластера, следует учитывать то, что данная команда на узлах выполняется асинхронно: документация. Если не выполнить специальную настройку на ClickHouse, следующая за TRUNCATE в потоке команда может начать выполняться одновременно с еще не выполнившейся на всех узлах TRUNCATE.
Чтобы избежать данной проблемы требуется изменить настройку в конфигурации ClickHouse: alter_sync = 2 документация
Если такой возможности нет, как временное решение, можно воспользоваться узлом Data Boring под названием delay и поставить его между TRUNCATE и узлом, выполняющим следующую SQL команду на ClickHouse, настроив соответствующую паузу.